การคุกคามฝ่ายนักศึกษาเกิดขึ้นอย่างหนักใน พ.ศ.2519 ตั้งแต่ต้นปี การปฏิบัติการดังกล่าวกระทำจนกระทั่งแน่ใจได้ว่า ขบวนการอ่อนกำลังลงมากแล้ว จึงได้มีการนำเอาตัวจอมพลประภาส จารุเสถียร เข้ามาสู่ประเทศเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม 2519 ในข้ออ้างของจอมพลประภาสว่า จะเข้ามารักษาตา ฝ่ายนักศึกษาได้เรียกชุมนุมประชาชน เพื่อเรียกร้องให้นำตัวจอมพลประภาสมาลงโทษ ในการประท้วงครั้งนี้ กลุ่มอันธพาลการเมืองก็ก่อกวนเช่นเดิม ด้วยการขว้างระเบิดใส่ที่ชุมนุมของฝ่ายนักศึกษา ทำให้มีผู้เสียชีวิต 2 คน และบาดเจ็บอีก 38 คน แต่ปรากฏว่าเหตุการณ์นี้ กลุ่มชนชั้นนำยังไม่มีความพร้อมเพียงพอที่จะก่อการรัฐประหารได้ จึงต้องผลักดันให้จอมพลประภาสเดินทางออกนอกประเทศไปก่อน ในที่สุดจอมพลประภาสยินยอมเดินทางออกไปยังกรุงไทเปอีกครั้งในวันที่ 22 สิงหาคม โดยก่อนออกเดินทาง ได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้เข้าเฝ้าฯ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช อีกด้วย
หลังจากนี้ เริ่มมีข่าวว่าจอมพลถนอม กิตติขจร จะขอกลับเข้าสู่ประเทศไทยอีกครั้งเพื่อเยี่ยมบิดาที่ใกล้ถึงแก่กรรม เนื่องจากบิดาคือขุนโสภิตบรรณลักษณ์ (อำพัน กิตติขจร) มีอายุถึง 90 ปีแล้ว ตั้งแต่วันที่ 3 กันยายน 2519 ศูนย์นิสิตได้เรียกประชุมกลุ่มต่างๆ 165 กลุ่ม เพื่อคัดค้านการกลับเข้ามาของจอมพลถนอม กิตติขจร โดยระบุความผิดของจอมพลถนอม 11 ข้อ จากนั้น ในวันที่ 7 กันยายน ก็มีการอภิปรายที่หอประชุมใหญ่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในหัวข้อทำไมจอมพลถนอมจะกลับมา ซึ่งผู้อภิปรายหลายคนได้สรุปว่า การเข้ามาของจอมพลถนอมส่วนหนึ่งเป็นแผนการที่วางไว้เพื่อจะหาทางก่อการรัฐประหารนั่นเอง อย่างไรก็ตาม คณะรัฐมนตรีของนายกรัฐมนตรี ม.ร.ว.เสนีย์ ปราโมช ได้มีมติมิให้จอมพลถนอม กิตติขจร กลับเข้าประเทศ
แต่ปรากฏว่า เมื่อถึงวันที่ 19 กันยายน 2519 จอมพลถนอม กิตติขจร ก็กลับเข้าประเทศจนได้ โดยบวชเป็นสามเณรมาจากสิงคโปร์ จากนั้นก็ตรงไปยังวัดบวรนิเวศฯ เพื่อบวชเป็นภิกษุ โดยมีพระญาณสังวร เป็นองค์อุปัชฌาย์ และเมื่อบวชเรียบร้อยก็ขนานนามว่า สุกิตติขจโรภิกษุ ในกรณีนี้ วิทยุยานเกราะได้นำคำปราศรัยของจอมพลถนอมมาออกอากาศในวันที่ 19 กันยายน ซึ่งมีสาระสำคัญว่า จอมพลถนอมกลับเข้ามาในประเทศครั้งนี้เพื่อเยี่ยมอาการป่วยของบิดา จึงได้บวชเป็นพระภิกษุตามความประสงค์ของบิดา และไม่มีจุดมุ่งหมายทางการเมืองอย่างใดเลย จากนั้น วิทยุยานเกราะได้ตักเตือนมิให้นักศึกษาก่อความวุ่นวาย มิฉะนั้นแล้วอาจจะต้องมีการประหารสักสามหมื่นคน เพื่อให้ชาติบ้านเมืองรอดพ้นจากภัย
เมื่อเกิดเหตุการณ์เช่นนี้ ขบวนการนักศึกษาที่นำโดยศูนย์นิสิตและแนวร่วมต้านเผด็จการแห่งชาติก็เคลื่อนไหวโดยทันที โดยยื่นข้อเสนอต่อรัฐบาล แสดงการคัดค้านจอมพลถนอมที่ใช้ศาสนาบังหน้า ทำให้พระศาสนามัวหมอง เรียกร้องให้นำเอาจอมพลถนอมมาขึ้นศาลพิจารณาคดี พร้อมทั้งคัดค้านความพยายามที่จะก่อการรัฐประหาร ขณะที่กลุ่มยุวสงฆ์ก็ออกคำแถลงคัดค้านสถานะภิกษุของจอมพลถนอม โดยขอให้มหาเถรสมาคมตรวจสอบการบวชครั้งนี้ว่าถูกต้องตามพระวินัยหรือไม่ และถวายหนังสือต่อสังฆราชให้สอบสวนพระญาณสังวร ด้วย ในฐานะที่ทำการบวชให้แก่ผู้ต้องหาคดีอาญา ปรากฏว่าสมเด็จพระสังฆราชยอมรับว่าการบวชนั้นถูกต้อง ส่วนเรื่องขับไล่จอมพลถนอมจากประเทศนั้นเป็นเรื่องทางโลก ที่ทางมหาเถรสมาคมไม่อาจเกี่ยวข้องได้
ต่อมา ในการประชุมสภาผู้แทนราษฎรวันที่ 23 กันยายน 2519 สมาชิกสภาก็ได้เสนอให้มีการประชุมในเรื่องการกลับมาของจอมพลถนอมโดยตรง และได้ลงมติคัดค้านการกลับมาของจอมพลถนอม ให้รัฐบาลดำเนินการเรื่องนี้โดยทันที ปรากฏว่านายกรัฐมนตรี ม.ร.ว.เสนีย์ ปราโมช ไม่อาจจะจัดการอะไรได้ จึงได้ลาออกจากตำแหน่งกลางสภาผู้แทนราษฎร และในเวลา 21.30 น. วันเดียวกันนี้ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระบรมราชินี ก็เสด็จไปที่วัดบวรนิเวศฯ เพื่อสนทนาธรรมกับพระญาณสังวร ซึ่งเคยเป็นพระพี่เลี้ยงเมื่อพระองค์ทรงผนวช ในระหว่างการเยือน คุณหญิงเกษหลง สนิทวงศ์ นางสนองพระโอษฐ์ ได้แถลงว่า สมเด็จพระราชินีให้มาบอกว่า ได้ทราบว่าจะมีคนใจร้ายจะมาเผาวัดบวรนิเวศ จึงทรงมีความห่วงใยอย่างมาก ขอให้ประชาชนช่วยกันดูแลป้องกัน อย่าให้ผู้ใจร้ายมาทำลายวัด
วันที่ 24 กันยายน 2519 นายสมัคร สุนทรเวช รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย ได้แถลงว่า การที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จวัดบวรฯ กลางดึก แสดงให้เห็นว่า พระองค์ต้องการให้พระถนอม อยู่ในประเทศต่อไป อย่างไรก็ตาม ในคืนวันนั้นขบวนการนักศึกษาได้ออกติดโปสเตอร์ต่อต้านจอมพลถนอมทั่วประเทศ ปรากฏว่านิสิตจุฬาลงกรณ์ที่ออกติดโปสเตอร์ถูกชายฉกรรจ์จำนวนหนึ่งดักทำร้าย และนำเอาโปสเตอร์ที่จะติดนั้นไปทำลาย นอกจากนี้ นายชุมพร ทุมไมย และนายวิชัย เกษศรีพงศา พนักงานการไฟฟ้าส่วนภูมิภาค นครปฐม และเป็นสมาชิกแนวร่วมประชาชน ซึ่งออกติดโปสเตอร์ต่อต้านจอมพลถนอม ได้ถูกคนร้ายฆาตกรรมแล้วนำไปแขวนคอที่ประตูทางเข้าที่ดินจัดสรรบริเวณหมู่บ้าน 2 ตำบลพระประโทน ปรากฏจากการชันสูตรว่าทั้งสองคนถูกซ้อมและฆ่าอย่างทารุณก่อนที่จะนำศพไปแขวน สันนิษฐานว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจนครปฐมเป็นผู้ลงมือ ซึ่งกรณีนี้ ได้สร้างความสะเทือนใจอย่างมาก ศูนย์นิสิตจึงได้ตั้งข้อเรียกร้องเพิ่มต่อรัฐบาลให้จับคนร้ายมาลงโทษโดยเร็ว ทางฝ่ายรัฐบาลได้ตั้งให้ พล.ต.ท.ชุมพล โลหะชาละ เป็นผู้ควบคุมคดี
วันที่ 26 กันยายน 2519 กิตติวุฑโฒภิกขุได้แถลงย้ำว่า การบวชของพระถนอมครั้งนี้ ได้กราบบังคมทูลขออนุญาตจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รวมทั้งการขอเข้ามาในเมืองไทยด้วย ดังนั้น พระถนอมจึงเป็นผู้บริสุทธิ์ ต่อมา ในวันที่ 27 กันยายน 2519 นายส่งสุข ภัคเกษม ส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ฝ่ายขวา ได้ออกมาแถลงข่าวใส่ร้ายป้ายสีว่า กลุ่มฝ่ายซ้ายในพรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งหมายถึงกลุ่มของนายดำรงค์ ลัทธพิพัฒน์ และนายชวน หลีกภัย ได้จ่ายเงินให้แก่ศูนย์นิสิต 8 แสนบาท โดยผ่านนายสุธรรม แสงประทุม ในกรณีเคลื่อนไหวต่อต้านจอมพลประภาส จารุเสถียร เมื่อเดือนสิงหาคมที่ผ่านมา
การชุมนุมคัดค้านจอมพลถนอมของขบวนการนักศึกษาได้เริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 28 กันยายน ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และได้ยื่นคำขาดให้รัฐบาล ม.ร.ว.เสนีย์ ปราโมช แก้ไขปัญหาเรื่องจอมพลถนอม กิตติขจร ให้จับตัวคนร้ายที่ก่อการฆาตกรรม 2 ช่างไฟฟ้านครปฐมมาลงโทษ และขอให้รัฐบาลจัดกำลังรักษาความปลอดภัยแก่ผู้ชุมนุม ต่อมาศูนย์นิสิตได้ใช้มาตรการรุก คือขอให้รัฐบาลตอบภายใน 3 วัน
วันที่ 1 ตุลาคม 2519 ตัวแทนญาติวีรชน 14 ตุลาคม ได้เข้าพบนายกรัฐมนตรี ขอให้ดำเนินการขับจอมพลถนอม กิตติขจร ออกจากประเทศไทย และได้เริ่มอดอาหารประท้วงที่หน้าทำเนียบรัฐบาล ในวันเดียวกัน กลุ่มฝ่ายขวา 13 กลุ่ม ได้ร่วมออกแถลงการณ์ว่า
ได้ปรากฏแน่ชัดแล้วว่า ศูนย์นิสิตนักศึกษา สภาแรงงานแห่งประเทศไทย และนักการเมืองฝ่ายซ้าย ได้ถือเอาพระถนอมมาเป็นเงื่อนไขสร้างความไม่สงบขึ้นภายในประเทศชาติ ถึงขั้นจะก่อวินาศกรรมทำลายวัดบวรนิเวศวิหาร และล้มล้างรัฐบาล เรื่องนี้กลุ่มต่างๆ ดังกล่าว ได้ประชุมลงมติว่า 1. จะร่วมกันปกป้องวัดบวรฯ ทุกวิถีทาง ตามพระราชเสาวณีย์
วันที่ 2 ตุลาคม 2519 กำหนดเวลาเส้นตายที่ศูนย์นิสิตยื่นไว้มาถึง ทางฝ่ายกระทิงแดงได้ตั้งกำลังล้อมวัดบวรนิเวศฯ โดยอ้างว่า เพื่อป้องกันศาสนสถาน ปรากฏว่าตัวแทนศูนย์นิสิตได้เข้าพบนายกรัฐมนตรี แต่ก็ยังไม่มีอะไรคืบหน้า ดังนั้น จึงได้มีการตกลงให้มีการชุมนุมประชาชนครั้งใหญ่ที่สนามหลวงในเวลาเย็นวันจันทร์ที่ 4 ตุลาคม
ในเวลากลางวันของวันที่ 4 ตุลาคม 2519 นั้นเอง กลุ่มอิสระ 21 กลุ่มของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้รณรงค์ให้นักศึกษามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์งดสอบ เพื่อร่วมการประท้วงขับไล่จอมพลถนอม ในการรณรงค์งดสอบนี้ ชมรมนาฏศิลป์และการละครได้จัดการแสดงละครเรียกร้องให้นักศึกษามีจิตสำนึกในการเข้าร่วมการต่อสู้ โดยมีฉากหนึ่งที่เป็นภาพสะท้อนถึงช่างไฟฟ้าที่ถูกสังหารที่นครปฐม ปรากฏว่าการรณรงค์ประสบผล จนทำให้มหาวิทยาลัยต้องประกาศเลื่อนการสอบออกไปอย่างไม่มีกำหนด ต่อมาเวลาตั้งแต่ 15.30 น. ได้มีการชุมนุมประชาชนที่สนามหลวง จนกระทั่งเกิดฝนตก และมีแนวโน้มการคุกคามของกลุ่มฝ่ายขวาในเวลา 19.30 น. กลุ่มนักศึกษาที่นำการชุมนุมจึงมีมติให้ย้ายเวทีเข้ามาชุมนุมในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เพื่อความสะดวกในการรักษาความปลอดภัย และการประท้วงก็ข้ามคืนมาจนถึงวันที่ 5 ตุลาคม มีการชุมนุมประท้วงจอมพลถนอมเกิดขึ้นในอีกหลายจังหวัด เช่น ที่เชียงใหม่ ขอนแก่น นครราชสีมา สงขลา เป็นต้น
ชนวนแห่งเหตุร้ายอย่างไม่คาดหมายเกิดขึ้นเมื่อเช้าวันที่ 5 ตุลาคม 2519 เมื่อหนังสือพิมพ์ บางกอกโพสต์ ลงภาพการแสดงละครแขวนคอของนักศึกษา เพื่อประกอบข่าวที่ทางการตำรวจแถลงว่าจับกุมคนร้ายในกรณีสังหารช่างไฟฟ้านครปฐมได้แล้ว ซึ่งเป็นตำรวจชั้นผู้น้อย 5 คน ปรากฏว่าใบหน้าของผู้แสดงของนักศึกษา คือ อภินันท์ บัวหภักดี เมื่อถ่ายภาพออกมาแล้ว มีความคล้ายคลึงกับพระบรมโอรสาธิราชอย่างไม่คาดหมาย เมื่อเกิดการวิพากษ์วิจารณ์ในประเด็นนี้ บรรณาธิการหนังสือพิมพ์ ดาวสยาม จึงได้เลือกเอารูปการแสดงละครของนายอภินันท์ที่มีความคล้ายคลึงกับพระบรมโอรสาธิราชมากที่สุด เพื่อตีพิมพ์เผยแพร่ประโคมข่าวในหนังสือพิมพ์ฉบับบ่ายวันที่ 5 ตุลาคม โดยมีการพิมพ์ใหม่อย่างรวดเร็ว แล้วออกเผยแพร่โจมตีขบวนการนักศึกษาว่าจงใจหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ซึ่งเป็นเจตจำนงในการทำลายสถาบันพระมหากษัตริย์ และเป็นส่วนหนึ่งของแผนการของคอมมิวนิสต์
หลังจากนี้สถานีวิทยุทหารทุกแห่งก็ออกข่าวเกี่ยวกับกรณีหมิ่นพระบรมเดชานุภาพนี้ และระดมผู้รักชาติจำนวนนับพันไปชุมนุมที่ลานพระบรมรูปทรงม้าเพื่อต่อต้านกรณีดังกล่าว โดยเฉพาะกลุ่มพลังฝ่ายขวาเช่น กระทิงแดง ลูกเสือชาวบ้าน และนวพล จากการอ้างเอาเรื่องการหมิ่นสถาบันพระมหากษัตริย์นี้เอง กลุ่มปฏิกิริยาจึงสามารถระดมประชาชนที่โกรธแค้นเป็นจำนวนมากมาร่วมการชุมนุมได้ โดยประเด็นที่วิทยุยานเกราะเรียกร้องก็คือ ให้ทำลายพวกคอมมิวนิสต์ที่อยู่ในธรรมศาสตร์ และประท้วงรัฐบาล ม.ร.ว.เสนีย์ ปราโมช ที่ตั้งรัฐบาลใหม่ โดยไม่ให้นายสมัคร สุนทรเวช และนายสมบุญ ศิริธร เข้าร่วมในคณะรัฐมนตรี
เวลาดึกของวันนั้น การชุมนุมของฝ่ายขวาก็ย้ายสถานที่มายังท้องสนามหลวงตรงบริเวณฝั่งตรงข้ามธรรมศาสตร์ และได้มีการยั่วยุประชาชนอย่างหนัก ให้เกลียดชังนักศึกษามากยิ่งขึ้น และเช้าวันที่ 6 ตุลาคม ฝ่ายเจ้าหน้าที่ตำรวจก็เริ่มยิงอาวุธสงครามใส่ผู้ชุมนุม จากนั้นต่อมาก็ได้ใช้กองกำลังตำรวจกองปราบและหน่วยตำรวจตระเวนชายแดนนำการกวาดล้างนักศึกษาในมหาวิทยาธรรมศาสตร์ด้วยอาวุธสงครามเต็มอัตรา นี่คือการปราบปรามใหญ่กรณี 6 ตุลาคมนั่นเอง